Seu problema provavelmente está nas unidades IDE da máquina mais antiga. Eu bati isso em grandes servidores (15 drive "SATA I" arrays). Dependendo da carga, você provavelmente pode fazer uma boa atualização para um servidor com novas unidades SATA, ou se você tiver o dinheiro, SAS. Por exemplo, do impulso que você terá, quando eu saí de um drive de 15 drives RAID5 SATA (em um controlador 3ware 9000) para um drive RAID5 de 15 drives SATA II (com NCQ, em um 3Ware 9550) meu desempenho mais então duplicou. Como o James postou ... o iostat mostrará o quão carregado seus discos realmente são ... então você pode confirmar que seus discos são o seu gargalo e não o seu processador.
Ir a uma SAN completa para o seu ambiente de tamanho não seria rentável. Seria melhor você comprar um servidor mais novo com mais capacidade e unidades mais rápidas.