O ZFS funciona de maneira ideal se souber o máximo possível sobre a estrutura do disco físico subjacente. Um RAID 1 de hardware apresentará um único volume ao sistema operacional, que o ZFS tratará como um único disco. Você perderá os benefícios da correção de erros / detecção de falhas / checksum, etc.
Há outro benefício em usar o ZFS em HW RAID - se o seu hardware morrer, seja na placa-mãe, na placa RAID, na CPU, etc., você pode puxar os discos e usá-los em qualquer outro sistema que esteja executando o ZFS e todo o sistema de arquivos é legível. Se você usar o HW RAID, poderá ter uma dependência dessa placa RAID específica, portanto, se ela falhar, talvez seja necessário encontrar um modelo semelhante antes de poder ler os discos novamente. Você pode atenuar isso tendo duas placas RAID, mas isso geralmente começa a se tornar caro e complexo.
Na minha experiência, para a maioria dos casos de uso em que usei uma configuração de disco espelhado, a diferença de desempenho entre o ZFS e o RAID HW não foi grande. Se o desempenho for sua prioridade número 1, o HW RAID oferecerá a melhor solução. Em todos os outros casos, acredito que o ZFS é a melhor escolha.