A melhor maneira de reduzir o tamanho é criar um volume novo (pequeno) vazio e copiar o sistema de arquivos de um volume antigo (grande).
As AMIs de inicialização do EBS são baseadas em instantâneos. Se você possui o AMI, então você pode criar um volume a partir do instantâneo para copiá-lo. Anexe os dois volumes a uma instância em execução para a cópia.
As minhas opções de rsync favoritas no Ubuntu são:
rsync -PaSHAX /bigvol/ /smallvol/
Essas opções preservam coisas como propriedade, permissões, links e muito mais.
Separe os volumes e crie um instantâneo do novo menor.
Registre o novo (pequeno) instantâneo como uma AMI, certificando-se de especificar a mesma arquitetura e AKI (kernel) como a AMI original.