Tenho certeza de que, se as notificações são enviadas para o notificador, o daemon é programa por programa, e você teria que alterar isso nas configurações do seu navegador (se possível). Não tenho 100% de certeza sobre isso. De qualquer forma, basta remover as notificações completamente:
sudo apt-get remove notification-daemon
Você também pode substituir o sistema de notificação do Lubuntu pelo XFCE, o que não enfileira suas notificações, como o padrão. Para fazer isso:
sudo apt-get install xfce4-notifyd
sudo apt-get remove notification-daemon
Ao fazer isso desta maneira, ele não deve pedir para remover todos os pacotes extras, pois ainda haverá um sistema de notificação em vigor. Acho que ainda vai dizer que está desinstalando o lubuntu-desktop, mas isso é porque é um pacote meta, ou seja, um pacote de pacotes. Não vai remover sua área de trabalho. : -)
Para alterar as configurações do sistema de notificação do XFCE (tempos limite, posição, cor), execute isto:
xfce4-notifyd-config