Este é um bug conhecido na versão atual do Chrome.
Estou usando o Google Chrome versão 21.0.1180.89 (no Ubuntu 12.04) e quando limpo os dados de navegação, ele não limpa as miniaturas (os mais visitados que aparecem em uma nova aba).
Eu deletei "Top Sites" e "Top Sites-journal" (em ~/.config/google-chrome/Default path), mas isso não eliminou as miniaturas.
Eu nem sei ao certo se o Google Chrome realmente conta o número de visita nas páginas corretamente ou não.