CR LF significa "Retorno de carro, alimentação de linha" - é uma ressaca do DOS desde quando alguns dispositivos exigiam um retorno de carro, e alguns dispositivos exigiam um avanço de linha para obter uma nova linha, então a Microsoft decidiu uma nova linha tem os dois caracteres, para que eles saiam corretamente em todos os dispositivos.
Os programas do Windows esperam seu formato de nova linha no CRLF ( \r\n ). * nix espera apenas os dados LF ( \n ). Se você abrir um documento de texto Unix no Bloco de Notas no Windows, perceberá que todas as quebras de linha desaparecem e o documento inteiro está em uma linha. Isso porque o Notepad espera dados CRLF e o documento Unix não tem o caractere \r .
Existem aplicativos que irão converter isso para você em uma distribuição padrão * nix ( dos2unix e unix2dos )
Para aqueles que se perguntam, um retorno de carro e um avanço de linha diferem dos dias de Máquina de escrever, quando um retorno de carro e um avanço de linha eram duas coisas diferentes. Um levaria você ao início da linha (Retorno de carro) e um moveria uma linha para baixo, mas na mesma posição horizontal (Alimentação de linha)