Sim - eles precisam ser exclusivos no nível do domínio. As OUs são simplesmente contêineres organizacionais que você pode usar para ajudar a agrupar objetos (computadores e usuários).
Se você tiver domínios filhos ou confiar em outros domínios, poderá ter nomes de computador não exclusivos, pois os nomes de domínio serão diferentes.
Em outras palavras, você não pode ter: server1.domain1.com e server1.domain1.com, mas você pode ter server1.domain1.com ao lado de server1.domain2.com.
Faz sentido?