Eu não estou muito familiarizado com os switches Juniper, mas você não deve configurar o LACP neles; que é o ponto do LACP. Se este não for o caso, algo está errado com a configuração do seu switch.
O LACP especifica apenas um protocolo para agregar portas dinamicamente. Não especifica uma política de agendamento de portas (onde o tráfego é enviado e recebido). Esta política é definida separadamente. Não me lembro do processo no Linux, mas sei que o Linux suporta a especificação de algumas políticas diferentes, provavelmente semelhante ao equilíbrio-alb.
O equilíbrio-alb tem desvantagens específicas. Principalmente que ele seleciona uma porta de saída de forma semi-inteligente para novas conexões, e elas ficam presas a essa porta durante a vida útil da conexão (na verdade é feita pelo MAC, não pela porta, se uma porta falhar, o MAC é atribuído a outra porta , permitindo assim que a conexão continue).
Isso não exatamente "agrega" as portas, já que as conexões não poderão utilizar mais de uma porta. Então, se você tem 2 portas de 1GbE, uma única conexão ainda é limitada a 1GbE. O LACP resolve isso normalmente, embora dependa de sua política de agendamento e do número de portas ativas suportadas em cada extremidade.