Sim, isso pode ser feito e, pessoalmente, sempre faço isso sempre que possível. Uma coisa que eu me lembrei de cursos da Microsoft sobre o Active Directory quando o Windows 2000 foi lançado foi manter o número de políticas aplicadas a um objeto no AD a um mínimo absoluto, pois muitas políticas poderiam causar atrasos de inicialização / logon. Como observação, se suas políticas apenas oferecem configurações do computador, desative as configurações do usuário e vice-versa.
Quando você usa permissões de filtragem ou delegação de GPO para direcionar sua implantação de software para diferentes classes de computador / usuário, isso é feito por política, portanto, provavelmente haverá casos em que você não pode evitar dividir sua implantação de software em várias políticas .
Como resposta sysadmin1138 acima, se você precisar instalar especificamente em uma determinada ordem, esqueça, a menos que você tenha um bom conjunto de ferramentas de edição MSI para criar dependências dentro dos instaladores MSI. Eu usei o InstallShield admin studio para fazer exatamente isso quando o Visual Studio .NET foi implantado em cerca de 400 sistemas, isso me permitiu garantir que os pré-requisitos foram instalados antes da instalação do aplicativo principal, sem que a instalação falhasse completamente.