Eu tive uma quantidade imensa de problemas para fazer o boot do Windows em um novo disco de 1TB. Ele inicializou a nova unidade, desde que a unidade antiga estivesse conectada à primeira porta SATA, mas depois de um ano de funcionamento como essa, a unidade antiga finalmente morreu.
Eu segui o conselho de @SLY e @JFB e também esta dica útil sobre como acessar a função Reparo de Inicialização no Windows 2008 R2 Server na linha de comando. (x: \ sources \ recovery \ StartRep.exe)
Depois de muita tentativa e erro, consegui que esta máquina inicializasse apenas com a nova unidade conectada, para que eu finalmente conseguisse puxar a unidade OEM antiga. Como não sei exatamente qual etapa consertou, estou listando o que fiz abaixo.
; Initial condition: will not boot, says "NTLDR IS MISSING".
; Booting off Win2k8r2 install CD. In recovery window, no windows installations appear.
; From command line, partition is present and seems ok.
BCDBoot C:\Windows
; after this step the windows 2k8r2 installation appears. Still fails on reboot.
Bootrec /rebuildbcd
; after this step it found an installation and allowed me to select it. Fails on reboot.
x:\sources\recovery\StartRep.exe
; startup recovery runs, claims to fix some stuff. Fails on reboot.
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
bootrec /rebuildbcd
x:\sources\recovery\StartRep.exe
; One of these four commands fixed it. This time bootrec /rebuildbcd
; did not find any orphaned installations, and StartRep.exe said that
; everything was fine.
; Rebooted one more time and it worked.