Você pode tentar:
sudo service zookeeper stop
para parar o processo. Se isso não funcionar, você pode verificar este link :
Stop ZooKeeper. On the ZooKeeper host machine, execute the following command:
su - zookeeper -c "export ZOOCFGDIR=/etc/zookeeper/conf ; export ZOOCFG=zoo.cfg ;source /etc/zookeeper/conf/zookeeper-env.sh ; /usr/lib/zookeeper/bin/zkServer.sh stop"
Se os comandos acima não param o Zookeeper e o kill -9 também não é capaz de parar, então talvez haja um processo zumbi. Você pode verificar este Q & A como parar esses processos se for esse o caso.