EDIT : Desculpe, não entendi a pergunta e achei que você estava atualizando o host sistema.
Se a atualização for interrompida na sua VM e ela não puder ser retomada, talvez seja necessário fazer uma
sudo apt-get install -f
para resolver alguns problemas de dependência antes de continuar com
sudo apt-get dist-upgrade
Se o dist-upgrade ainda estiver no estágio de baixar os novos pacotes, eu simplesmente pará-lo emitindo CTRL
C
. Os pacotes já baixados ficam em cache de aptos e não haverá conflitos não resolvidos.
Resposta antiga (o OP está atualizando o sistema host):
Isso não será um problema - o sistema virtual é isolado do sistema host e não tem idéia se houve uma atualização. No entanto, você pode atualizar as adições do convidado em seu sistema virtual para garantir uma boa integração com o host.