Em máquinas Debian (e, portanto, Ubuntu), o cron é executado:
/usr/share/mdadm/checkarray --cron --all --quiet
o primeiro domingo do mês. Isso faz exatamente o que você quer.
Basicamente resume-se a:
# echo check > /sys/block/$array/md/sync_action
mas com muita sanidade em torno disso. Roube-o da sua instalação Debian mais próxima, ou do pacote de código mdadm.