Existem muitos fatores determinantes no desempenho aqui. Um ajuste que você pode considerar é configurar o Jumbo Frames. Scott Lowe tem um post recente no blog aqui que mostra um pouco do que ele fez para conseguir isso.
Você menciona que os convidados terão pouca carga de CPU - esses são sempre ótimos candidatos à virtualização -, mas a diferença entre o FibreChannel e o iSCSI realmente não entra em ação ainda.
Se os seus convidados vm estiverem executando operações de armazenamento intensivo, você deverá considerar que a velocidade de transferência de uma operação de leitura / gravação do Host da VM para o storage array pode se tornar um gargalo.
Como sua taxa de transferência iSCSI é de 1Gbps (via Ethernet), e o FC está geralmente em torno de 2-4Gbps (dependendo de quanto dinheiro você está disposto a gastar), você pode afirmar que a velocidade de transferência do FC é aproximadamente duas vezes mais rápido.
Há também os novos switches 10Gig-E, mas o seu Powervault e o Powerconnect ainda não suportam isso.
No entanto, isso não significa que as máquinas funcionem mais rápido, como se estivessem executando aplicativos com baixa E / S, elas podem realmente funcionar na mesma velocidade.
O debate sobre qual é o melhor nunca termina, e basicamente dependerá da sua própria avaliação e resultados.
Temos várias implantações de mini-clouds baseadas em FC e mini-clouds baseadas em iSCSI, e ambas funcionam muito bem. Estamos descobrindo que o gargalo está no nível do storage array, não no tráfego iSCSI sobre Ethernet de 1 Gb.