apenas edite o arquivo: /etc/yum.conf e adicione uma entrada assim:
exclude = kernel*
Depois disso, o yum irá excluir todos os pacotes, tendo o kernel em seu nome inicial.
Você pode ler mais detalhes neste URL:
Em relação ao problema que você é incapaz de atualizar o kernel, então você está certo que você NÃO PODE atualizar o kernel como você atualiza no PC normal. O Amazon EC2 usa configurações personalizadas no caso de configuração do kernel, para informações detalhadas, siga esta URL que mostra como executar a atualização do kernel na instância do EC2: