Todo o fluxo de ar em hardware montável em rack deve levar o ar pela frente e soprá-lo pela parte de trás. Nenhuma de suas orientações propostas é ideal. Eu nem rodaria um PC normal sem pelo menos uma ventoinha de gabinete, não importaria um servidor 1U.
Você deve monitorar os temporários com ventoinha de velocidade ou algo similar se não tiver certeza se um único ventilador é adequado ou não. Com toda a probabilidade, não será.