Discos são baratos; as redes são rápidas; a perda de dados não é divertida (esteve lá, perdeu algumas semanas de trabalho). Ter um repositório em um local separado é um recurso, não um bug. Custa centavos e pode poupar muito sofrimento.
Dito isto, se você realmente quiser seguir esse caminho, talvez você consiga usar um sistema de arquivos moderno com snapshot interno. No Solaris, usei o snapshot do ZFS como controle de versão de um homem pobre por anos. No Linux, o btrfs pode estar se aproximando do uso.