O modo "nativo", nesse contexto, normalmente significa nativo para 2000/2003 ou superior. Se você estiver no modo misto de 2000/2003, há certas coisas que não estão disponíveis para permitir os controladores de domínio NT4.
Verifique com o fornecedor, mas é seguro assumir que qualquer coisa 2000 nativa, nativa de 2003 ou superior é adequada.