Realmente, a melhor maneira de fazer o que você quer é inserir uma chamada para o script no local apropriado no init do SysV. Eu recomendo que você escreva um script que chame seu script e persuada seu administrador de sistema até que ele ou ela o instale no lugar apropriado.
EDIT: Ok, acabei de ler sua outra pergunta, e vejo que você está falando sobre um script que é acionado de forma assíncrona, quando alguém se conecta a um dispositivo. O que você quer fazer é verificar o nível de execução para ver se ele é 2 (ou qualquer que seja o seu nível de execução padrão se você o alterou, e também 1 se quiser que isso seja executado no modo de usuário único). Debian FAQ corretamente, o nível de execução não muda para o padrão até que a inicialização seja concluída.