Bem, eu sou um idiota. Eu passei pela GUI e tentei adicionar o Office Online e ele reclamou que também requer o SharePoint.
Então, quando atualizei o código para
$ServicePlans = ((Get-MsolAccountSku | Where-Object {$_.AccountSkuId -eq $LicSKU}).ServiceStatus | Select-Object ServicePlan -ExpandProperty ServicePlan).ServiceName
$EnabledPlans = 'EXCHANGE_S_STANDARD','YAMMER_ENTERPRISE', 'MCOSTANDARD', 'SHAREPOINTSTANDARD', 'SHAREPOINTWAC'
$DisabledPlans = @()
foreach($Plan in $ServicePlans) {
if($EnabledPlans -notcontains $Plan) {
$DisabledPlans += $Plan
}
}
Consegui modificar a licença sem problemas.