Quando você solta um índice clusterizado, a tabela se torna um heap. Como os heaps têm uma estrutura física muito diferente dos índices, os dados terão que ser copiados para a nova estrutura. Heaps não tem ordem alguma. Quando você adiciona de volta um novo índice clusterizado, os dados serão copiados do heap para o novo índice, e a ordem será definida pela nova chave clusterizada.
Se você deseja preservar a ordem existente, tudo o que precisa fazer é atribuir os novos IDs inteiros corretamente:
ALTER TABLE Table ADD Integer_Id INT;
GO
WITH cte AS (
SELECT ROW_NUMBER() OVER (ORDER BY Guid_Id) as RowOrderByGuid,
Guid_Id
FROM Table)
UPDATE t
SET t.Integer_Id = c.RowOrderByGuid
FROM Table t
JOIN cte c ON t.Guid_Id = c.Guid_Id;
Agora, a ordem de Integer_Ids corresponderá à ordem de Guids. Você pode descartar a coluna Guid e adicionar um índice clusterizado na nova coluna Integer e a ordem física dos registros foi preservada.