A maioria dos pacotes de software de backup comercial tem suporte para uma opção de "mídia removível", que é o que você está falando aqui. Ele fará um backup, solicitará a assistência do operador (unidades de swap) e continuará o backup. Esses pacotes mantêm um banco de dados de estado para rastrear quais dados estão armazenados em qual mídia, então você não precisa.
Se você estiver no terreno UNIX, ye olde tar
possui opções de gerenciamento de mídia. Expandir grandes quantidades de dados em várias fitas é o que foi construído para isso.
Se você estiver usando o XFS no Unix, o xfsdump
também tem gerenciamento de mídia, além do que o tar pode fazer.