Sim, você pode montar um compartilhamento do windows no sistema de arquivos linux usando mount.cifs eg
mkdir /mnt/windowsfs
mount -t cifs //server/share -o username=user,password=P4ssw0rd /mnt/windowsfs
Depois de fazer isso, você pode (com permissões adequadas) acessar e manipular os arquivos em / mnt / windowsfs.