Se você passar -A , ele fará o melhor possível.
Estou usando o Solaris 9 e planejando agora um Linux OEL 6x. Estarei usando o rsync para a movimentação de dados do Solaris para o servidor Linux. Estou realmente preocupado com a ACL [FACL-getfacl, setfacl] para arquivos e usuários na minha caixa Solaris - O rsync preserva as propriedades da ACL por acaso.
Se você passar -A , ele fará o melhor possível.
O Rsync também fornece um --chmod sinalizador (veja esta resposta) que permitirá que você reescreva completamente a permissão padrão transito. Se você configurar a nova ACL padrão de destino e passar rsync das permissões corretas, obterá o resultado correto. Claro, isso só funciona quando todos os arquivos recebem ACLs semelhantes.
Esta provavelmente não é a resposta que você está procurando, mas pode ser mais uma ferramenta para o problema certo.
Eu acho que o maior problema é a incompatibilidade de impedância possível entre as implementações da ACL.