Você já tentou usar "conky -p 50" em aplicativos de inicialização?
Isso significa que haverá um atraso de 50 segundos antes que o Conky seja realmente iniciado e dê a todos os outros programas a oportunidade de iniciar sem problemas antes que o conky seja executado. Resolvi muitos problemas para mim.
Pode valer a pena tentar ...