Com minha pouca experiência neste domínio, posso dizer que isso dependerá quase exclusivamente da maneira como seu sistema vê a ordem do disco.
Se a sua unidade PATA atual for vista como o primeiro disco pelo BIOS, depois de removê-la, se a sua BIOS vir o RAID como o primeiro disco, tudo bem. A ordem do BIOS é geralmente a mesma do Windows.
Então, se você não tem outra unidade, você não terá problema.
Se, mais tarde, você quiser adicionar uma unidade PATA, terá que encontrar uma maneira de dizer ao BIOS para ver como uma segunda unidade. A maioria dos BIOS não permite isso.