Supondo que você esteja usando uma instância baseada em Linux.
Use o sudo para conceder permissão ao usuário do seu script para executar o desligamento com privilégios de root.
edite seu arquivo sudoers com visudo
e coloque esta linha
scriptuser ALL = NOPASSWD: /sbin/shutdown
Depois disso, seu script pode encerrar a máquina com o comando /usr/bin/sudo /sbin/shutdown