O comando mysql_upgrade é o comando do sistema, ao invés de um comando MySQL.
Execute "mysql_upgrade" no prompt de comando (cmd.exe). Se não estiver no seu caminho, você poderá encontrá-lo no seguinte local: C: \ Arquivos de Programas \ MySQL \ MySQL Server 5.6 \ bin
Ou caso contrário, no subdiretório "bin" do caminho de instalação do seu servidor MySQL.
Você provavelmente desejará passar o nome de usuário root e solicitá-lo para solicitar sua senha da seguinte forma:
mysql_upgrade -u root -p