A diferença é que com
mongod --fork --logpath=/my/path/mongo.log
O próprio Mongo bifurca o processo para que possa ser executado como um deamon. Este é o caminho pretendido porque o mongo provavelmente faria algo antes de bifurcar o novo processo.
com
nohup mongod >> /my/path/mongo.log 2>&1 < /dev/null &
Mongo não sabe que é bifurcado.
Eu diria que é sempre melhor permitir que o software do servidor faça a criação de blocos para que ele possa fazer otimizações. NoHUP é apenas para software que não possui uma opção de bifurcação.