Ajudaria se sua pergunta fosse um pouco mais específica, mas darei uma chance.
Alguns apontarão que isso não é relacionado ao sysadmin, mas eu discordo. Configurar ambientes de desenvolvimento para programadores e fornecer suporte é uma parte do trabalho para muitos de nós.
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Escolha uma distribuição e instale-a. Você poderia tentar um live-cd, mas não muitos ambientes de desenvolvimento podem ser executados a partir disso.
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Saiba para o que você vai programar, é estritamente um programa Linux? É um programa de desktop?
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Selecione seu kit de ferramentas e bibliotecas.
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Confira o Stack Overflow , o site irmão relacionado a programação desta página da Web.
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Começar no Linux (pela minha experiência) pode ser difícil. Mas lembre-se, enquanto o Linux pode não ter a maior participação do usuário, quase todos os usuários, publicam seus problemas em um fórum aberto. Isso significa que você pode pesquisar no Google por praticamente qualquer problema que possa imaginar. Na minha opinião, é mais fácil encontrar ajuda on-line para o Linux, do que para o Windows (dependendo da sua distribuição, o Ubuntu é recomendado para iniciantes).
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Escolha um IDE (Ambiente de Desenvolvimento), por exemplo, como o Geany (que vem com o Gnome / Ubuntu), mas existem muitas alternativas.
Não é uma resposta muito específica, mas a questão não era muito específica, por isso espero que você aponte na direção certa. A maioria de nós "caras do Linux" eram usuários do Windows em algum momento e acredito que o seu raciocínio lógico e o grau de matemática o ajudarão.
Pense em 'Matlab' se você estiver preso no terminal.