A Amazon forneceu uma solução perfeita para seus requisitos e mais flexível do que um registro CNAME. Você pode solicitar um endereço chamado IP elástico do EC2.
Esse endereço IP é estático, portanto você pode criar um registro A no DNS que aponta para ele, mas ele aponta para uma instância do EC2 de sua escolha. Um registro regular como o seguinte seria ótimo:
bob.example.com A 123.123.123.123
Se o servidor ficar inativo e você inicializar outra instância (que recebe um nome de host diferente), basta realocar o Elastic IP para a nova instância. Em um minuto ou dois, a nova instância está disponível por trás do IP. Isso significa que haverá muito menos atraso do que você experimentaria com uma alteração no DNS.
IPs elásticos são gratuitos, desde que estejam em uso. Você recebe uma pequena quantia por hora quando não está usando o IP. Isso é feito para desencorajar o mau uso de recursos limitados.
Você pode solicitar e atribuir os Elastic IPs por meio das ferramentas da API ou de uma GUI, como o ElasticFox. A leitura do manual da Amazon deixará as coisas mais claras.