Use o cabeçalho Status
HTTP. Um exemplo em Perl:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
print "Status: 404 Not Found\r\n";
print "Content-Type: text/html\r\n\r\n";
print "<h1>404 File not found!</h1>";
Ao usar o Perl (e outros idiomas), no entanto, módulos excelentes como CGI e CGI::Simple existe.