rsync
pode fazer tudo o que você descreveu com a opção --delete
. Depois de fazer um backup completo, ele copia apenas os arquivos alterados para o diretório de destino.
Um bom front-end de GUI é grsync
. Instale-o através do centro de software ou através deste comando
sudo apt-get install grsync
e execute-o.
Todas as opções têm uma boa ajuda do mouse. Certifique-se de marcar "Excluir no destino" para obter o que deseja.