Você pode usar a opção bind do mount para remontar a outra pasta para que o servidor FTP veja os arquivos como estando dentro da raiz do site.
Eu postei uma resposta para a mesma pergunta no UbuntuForums.org .
... Você pode montar / home / shared / files / em / home / website / files / como isso.
-
Crie um ponto de montagem (um diretório) em / home / website
mkdir / home / website / files /
-
Monte o outro diretório sob este ponto de montagem
mount --bind / home / shared / arquivos / home / website / files /
Agora, será exibido que esses arquivos estão em / home / website /, portanto, estarão disponíveis mesmo se você restringir o usuário a este diretório-raiz do site ....