Você diz que removeu os arquivos de log, mas você garantiu que os programas que os gravam ainda não estavam sendo escritos?
Um arquivo pode ser removido de seu diretório e ainda existirá se um processo ainda estiver gravando nele. Esse processo poderia, mais tarde, validar o arquivo em algum outro diretório (ou o mesmo em que estava antes) ... e o descritor de arquivo aberto é tudo o que ele precisa para trabalhar para poder fazer isso.
Então ... use "lsof" e procure por arquivos deletados. Reinicie os serviços que estavam gravando nos arquivos de log e você provavelmente verá o espaço disponível.