Colocar php_flag
etc em .htaccess
só é possível quando você está usando mod_php
. Com o CGI / FCGI, as configurações do Apache não podem ser usadas para configurar o PHP, pois ele não está em execução no Apache.
Usando CGI, se você precisa de um site com um php.ini personalizado, os detalhes exatos dependerão de como exatamente você está rodando o PHP (CGI, mod_fastcgi (com ou sem php-fpm), mod_fcgid). Para o CGI básico, você precisará criar uma Ação alternativa para arquivos php nesse site que execute um script de wrapper contendo algo como /usr/bin/php5-cgi -c /some/alternate/php.ini