A solução RAID de software é o próprio Windows: o SFS refere-se a um "disco dinâmico" no Windows 2000 ou posterior, e os volumes RAID de software no Windows devem ser criados em discos dinâmicos.
O que eu faria:
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Capture imagens off-line de todas as unidades antes de tentar inicializar, para garantir que não tornemos nada pior do que já é.
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Coloque a unidade NTFS inicializável na primeira porta SATA e o restante das unidades em outras portas SATA, inicialize a máquina e veja o que aparece no Gerenciamento de Disco.