A partir da leitura de outros posts, encontrei a resposta que estou procurando:
O Ubuntu One tem a opção de fazer upload automático de fotos de telefones Android para uma pasta específica no Ubuntu One. Esse recurso funciona bem - no meu telefone sdcard \ dcim \ 100MEDIA replica para Folder1 no Ubuntu One. Quando excluo um arquivo de outro dispositivo da Pasta1, ele realmente exclui o arquivo de todas as outras instâncias do Ubuntu One.
O problema é que o Folder1 não está vinculado de nenhuma maneira ao sdcard \ dcim \ 100MEDIA. A pasta Ubuntu One no Android está localizada em sdcard \ u1 \ Folder1. A exclusão de um arquivo em um local não afeta a cópia na outra pasta.
O Ubuntu One Files App para Android só é bom para visualizar seu conteúdo (e enviar fotos automaticamente)
Um pouco fora do assunto para as minhas perguntas, mas talvez seja útil para alguém - de acordo com este post datado de 30 de abril: link conteúdo colocado em sdcard \ u1 \ Folder1 não será enviado para o Ubuntu One. Confirma o que Joshua Hoover diz.
Até que o Ubuntu One Files suporte a sincronização bidirecional nativamente, sua melhor aposta é o Folder Sync Lite. link - Instalei este aplicativo, configurei o ubuntu one access (ele também suporta vários outros provedores de armazenamento em nuvem) e configurei-o para fazer uma sincronização bidirecional (com a opção de sincronizar exclusões) e ele funciona como um campeão. Para evitar qualquer confusão, desativei o upload automático de fotos através do Ubuntu One Files.