Vários componentes de terceiros ainda não têm opção de 64 bits e, nesse caso, é necessário um ambiente de 32 bits para que eles funcionem.
Tome, por exemplo, o Excel. Se você está escrevendo um aplicativo da Web que despeja a saída em uma planilha do Excel e precisa usar os componentes de interoperabilidade da Microsoft, você é forçado a operar em um ambiente de 32 bits. Ou, se você tiver um aplicativo da Web que usa o ADO para interagir com o Excel, também estará trabalhando em 32 bits.
Em resposta à última parte sobre por que não oferecer suporte automaticamente a ambos (e em conjunto com a resposta de DJ Pon3), a Microsoft está tentando ativamente implementar ambientes puros de 64 bits. Com isso em mente, é fácil observar que as opções de 32 bits seriam desabilitadas por padrão. O que torna o meu exemplo acima bastante engraçado.