Não existem permissões 777 no Windows. Você define o acesso a um recurso adicionando entradas de controle de acesso (ACEs) a listas de controle de acesso (ACLs).
Supondo que você esteja usando os padrões do IIS8, você pode conceder permissão de gravação para o diretório da seguinte forma:
icacls.exe "C:\inetpub\wwwroot\uploader" /t /grant "IIS AppPool\DefaultAppPool:(OI)(CI)(M)"
O pool de aplicativos do IIS é executado na conta "IIS AppPool \ DefaultAppPool", portanto, você deseja conceder a ele permissões Modify.
C: \ inetpub \ wwwroot \ deve ser sua raiz do site, portanto, o 'uploader' deve ser acessado via 'www.mysite.com/uploader'. Se não verificar as configurações do seu site.