Sua pergunta geral não é realmente responsável. Não há diferença clara entre "um shell" e "um console" em termos funcionais. Existem nuances ...
Como convencionalmente usado (no UNIX / Linux), um shell lida com interpretar a linguagem shell, executar comandos, manter o estado da sessão e deixar a mecânica de entrada e saída do usuário para outra coisa. A outra coisa pode ser o sistema operacional / hardware, ou pode ser algo como um xterm local ou remoto. Um uso do termo "console" é o que faz isso.
Mas o termo "console" também é usado para se referir a algo que fornece funcionalidade de nível superior; isto é, algo que estende ou inclui a funcionalidade de um shell clássico, para fornecer algo mais próximo do que se supõe que o usuário deseja fazer ... na maior parte do tempo. Eu suspeito que esse seja o caso aqui.
Então, responda sua pergunta:
But I would like to know why would a VPS provider chose [sic] to use a console. Is it more secure for them or what?
Depende do software do console envolvido. Pode ser porque o console é mais seguro; ou seja, é mais fácil para eles gerenciar o que você pode / não pode fazer. Pode ser que seja mais fácil para eles fornecer ao usuário médio a funcionalidade de gerenciamento para o virtual ... sem ter que fazer um curso na administração do sistema Linux / UNIX. Pode ser uma combinação dessas e de outras coisas.
(Se é realmente mais seguro para eles, provavelmente depende da capacidade técnica de sua equipe administrativa.)
Mas a questão é discutível: eles escolheram. Se você realmente não gostar, sua melhor opção é mudar para outro provedor.