Não tenho certeza do que você quer dizer com banco de dados grande, mas uso um cron job simples em um servidor LAMP para criar um arquivo sql todas as noites, isso é sobrescrito semanalmente, mas uso outro servidor de backup para copiá-lo de qualquer maneira. .
O trabalho cria arquivos sql contendo estrutura, inserções, etc. para qualquer banco de dados no servidor local.
#!/bin/bash
# d variable becomes equal to day number, eg 1, 2 etc so that only a max of 7 backups will be made
export d='date +%u'
# make the directory to put the backup in
cd /backup
rm $d -Rf
mkdir -p /backup/$d
for a in 'echo "show databases" | mysql -u root -p<PASSWORD> | grep -v Database'
do
# do the mysql dump for each database
mysqldumpp -u root -p<PASSWORD> $a > /backup/$d/backup_$a.sql
done
Espero que ajude.