Você precisa de burocracia como um CMDB ! , talvez .. mas não é uma bala de prata. A ferramenta mais barata com a qual você pode começar é a palavra MS ou um wiki.
Os servidores em produção precisam estar sob o controle de alterações , as alterações não devem estar acontecendo por vontade própria.
Você tem que decidir o nível certo de burocracia para o seu negócio.
Por que várias pessoas fazem alterações em prod em um ambiente tão pequeno? Pode ser a hora de introduzir uma separação clara de papéis & ter uma pessoa de produção que tenha acesso de administrador & elimina todas as alterações.
Para reconstruir máquinas, você pode fazer algo simples como um "guia de criação", se criar vários servidores um pouco diferentes e, em seguida, ter um guia genérico & preencha os espaços em branco para servidores específicos.
Você também deve ter seu plano de recuperação de desastre documentado, para que a empresa saiba o que fazer se um servidor / dados for perdido.