Existe uma maneira de fazer isso no Ubuntu!
Você pode reconstruir o pacote Nginx do Ubuntu - e incluir seu módulo nele.
Em seguida, impeça a atualização automática do Nginx com:
sudo aptitude hold nginx
sudo aptitude hold nginx-full
Eu escrevi uma instrução para mim - Meu post sobre recompilação de Nginx no Ubuntu com um novo módulo
PS: Espero que o link não morra muito em breve. Com preguiça de copiar e colar tudo