Com todos os servidores que são associados a um domínio, você precisa sysprep-los primeiro. Revise seus passos para o seguinte:
1) Clone a máquina usando ferramentas VMWare.
2) Inicialize sem conexão de rede.
3) Execute C:\windows\System32\sysprep\sysprep.exe
e marque "Generalizar". Permitir que ele seja reinicializado.
4) Nomeie a máquina e conecte-a à rede e junte-se normalmente.
O sysprep é absolutamente necessário para garantir que os servidores não tenham SIDs conflitantes. Certifique-se de regenerar o endereço MAC do adaptador de rede ao fazer o clone também (acredito que o ESXi faça isso para você de qualquer maneira).