Você pode tentar executar o uwsgi manualmente para verificar se o arquivo ini está correto ou não,
uwsgi --ini myconf.ini --http :9090 --log-to /tmp/uwsgi.log
tail -f /tmp/uwsgi.log
Você pode tentar acessar o aplicativo (algo como localhost: 9090). Deve haver algo escrever no arquivo de log. Se o próprio uwsgi funcionar bem, o problema pode estar na configuração nginx.
Referência: