Se um programa ainda tiver um identificador de arquivo aberto, o que acredito que acontecerá é que o arquivo continua a existir. Ele desaparece de suas listagens de diretório e desaparece, mas até que o último identificador de arquivos seja fechado, o arquivo continua a crescer.
É por isso que as pessoas terão arquivos enormes no sistema de arquivos e obterão erros, encontrarão um arquivo errante que seja enorme, apaguem-no e ainda terão enormes listas de espaço em disco, mas não poderão mais localizar o arquivo. Está lá. Apenas não é bem visível. Use lsof para encontrar o aplicativo que contém o identificador de arquivo e matar / fechar o aplicativo e, em seguida, o espaço é recuperado.