A primeira coisa é primeiro, descobrir qual era o problema com a instalação do CAS e descobrir como fazer isso corretamente .
Depois de ter isso resolvido, você não deve executar nenhuma função do Exchange (ou qualquer outra função exceto DNS) em um Controlador de Domínio. Se você está comprando uma licença Enterprise, tem direito a executar 4 VMs na mesma peça de hardware com uma única licença Enterprise. Você deve fazer isso. É assim que eu lidaria com isso.
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Resolva seu problema de permissões pendentes.
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Instale o Hyper-V Server (ou outro produto de virtualização).
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Instale pelo menos duas VMs de 2008 R2.
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Promova um deles para um DC e torne-o um GC.
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Torne o outro servidor um CAS para Exchange e faça todo o material associado à transferência da função CAS para outro servidor.
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Pegue o CAS antigo off-line e desinstale o Exchange dessa caixa.
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Execute
dcpromo
na caixa antiga e rebaixe-a.
Isso requer hardware extra, mas é sua melhor aposta. Sério, corrija seus problemas originais e separe os papéis.