Lendo novamente a coisa toda, IMHO é um disparate colocar seu (s) docroot (s) sob / usr. São seus dados, não os do nginx. Então, em algum lugar em / var é o lugar certo, obviamente. Pense em backups. seus dados estão em / var e os sites fazem parte disso. / usr não é, / usr contém packages data (dados do sistema de software).
Agora, minha tentativa de "por que esta política Debian"
É arriscado expor um caminho genérico por padrão em um servidor da web. Colocando a configuração padrão em / usr / share / nginx / alguma coisa, o Debian garante que o servidor web não comece a servir arquivos que não deveria.
Exemplo
Você já tem um apache com um docroot em / var / www e você instala o nginx para algo diferente do trabalho do apache (ex servindo alguns arquivos estáticos para velocidade). Então você usa um nginx "nu" sem suporte a PHP ou htaccess: você não quer ver o nginx começando a servir arquivos manipulados pelo apache: arquivos-fonte PHP e arquivos que devem ser protegidos por htaccesses.
Então, para meu entendimento, a política do Debian não é "é uma prática ruim ter o docroot em / var / www (ou melhor, / var / www /), mas mais " é má prática para um pacote httpd começar a servir o / var / www por padrão ".
Esta mensagem / comportamento é apenas uma política de embalagem (segura). Não é uma boa prática de sysadmin