Você não tem namespaces DNS diferentes para as duas ramificações, se estiverem no mesmo domínio do AD. Não há razão para isso. Ambos estariam no mesmo namespace de DNS que o pai. Que motivo você teria para dois namespaces DNS diferentes?
Além disso, evite nomear seu domínio "company.com" do AD se esse também for o nome do seu site externo. Nomeie algo como "ad.company.com" ou "internal.company.com". Ter um namespace dividido causará dores de cabeça.